Le café est-il bon ou mauvais pour la santé ?

Le café caféiné est une substance psychoactive, note Sandra Sanchez-Roige, professeur associé au département de psychiatrie de l'école de médecine de l'université de Californie à San Diego. Elle fait partie d'un groupe international de chercheurs qui ont comparé les caractéristiques de la consommation de café à partir d'une base de données 23andMe et d'un ensemble encore plus important d'enregistrements au Royaume-Uni. Elle est l'auteur correspondant d'une étude récemment publiée dans la revue Neuropsychopharmacology.

Hayley H. A. Thorpe, Ph.D., est l'auteur principal de l'article. Thorpe, du département d'anatomie et de biologie cellulaire de la Schulich School of Medicine and Dentistry de la Western University (Ontario), a expliqué que l'équipe avait recueilli des données génétiques ainsi que des données autodéclarées sur la consommation de café afin de réaliser une étude d'association à l'échelle du génome (GWAS). L'idée était d'établir des liens entre les gènes connus pour être associés à la consommation de café et les traits ou conditions liés à la santé.

"Nous avons utilisé ces données pour identifier les régions du génome associées au fait qu'une personne est plus ou moins susceptible de consommer du café", explique Thorpe. "Nous avons ensuite identifié les gènes et la biologie qui pourraient être à l'origine de la consommation de café.

Abraham Palmer, docteur en médecine, est également l'un des principaux chercheurs de l'article et professeur au département de psychiatrie de l'école de médecine de San Diego. Il explique que la plupart des gens sont surpris de constater qu'il existe une influence génétique sur la consommation de café. "Nous avions de bonnes raisons de penser, sur la base d'articles antérieurs, qu'il existait des gènes qui influençaient la quantité de café consommée par une personne", explique-t-il. "Nous n'avons donc pas été surpris de constater que dans les deux cohortes que nous avons examinées, il y avait des preuves statistiques qu'il s'agissait d'une caractéristique héréditaire. En d'autres termes, les variantes génétiques particulières que vous héritez de vos parents influencent la quantité de café que vous êtes susceptible de consommer".

Selon Mme Sanchez-Roige, l'influence génétique sur la consommation de café était la première des deux questions auxquelles les chercheurs voulaient répondre.

"La seconde est une question que les amateurs de café sont très désireux d'apprendre", a déclaré M. Sanchez-Roige. "La consommation de café est-elle bonne ou mauvaise ? Est-elle associée à des effets positifs sur la santé ou non ?

La réponse n'est pas définitive. L'étude d'association à l'échelle du génome menée par le groupe auprès de 130 153 participants à la recherche 23andMe basée aux États-Unis a été comparée à une base de données similaire de la UK Biobank de 334 649 Britanniques, révélant des associations génétiques positives cohérentes entre le café et des effets néfastes sur la santé tels que l'obésité et la consommation de substances. Une association génétique positive est un lien entre une variante génétique spécifique (le génotype) et une condition spécifique (le phénotype). À l'inverse, une association génétique négative est une qualité protectrice apparente qui décourage le développement d'une affection. Les résultats se compliquent lorsqu'il s'agit d'affections psychiatriques.

"Prenons l'exemple de la génétique de l'anxiété, de la bipolarité et de la dépression : Dans l'ensemble de données 23andMe, ils ont tendance à être positivement corrélés génétiquement avec la consommation de café", a déclaré Thorpe. "Mais dans la biobanque britannique, on observe le schéma inverse, c'est-à-dire une corrélation génétique négative. Ce n'est pas ce à quoi nous nous attendions.

Elle a déclaré qu'il y avait d'autres cas dans lesquels l'ensemble 23andMe ne s'alignait pas sur la UK Biobank, mais que le désaccord le plus important concernait les conditions psychiatriques.

"Il est courant de combiner des ensembles de données similaires dans ce domaine afin d'accroître la puissance de l'étude. Ces informations montrent clairement que la combinaison de ces deux ensembles de données n'était pas une bonne idée. Et ce n'est pas ce que nous avons fait", a déclaré Mme Thorpe. Elle a expliqué que la fusion des bases de données risquait de masquer les effets, d'amener les chercheurs à des conclusions erronées, voire de s'annuler l'une l'autre.

Selon Mme Sanchez-Roige, les chercheurs ont quelques idées sur l'origine des différences de résultats. Tout d'abord, les enquêtes présentaient un aspect "pommes et oranges". Par exemple, l'enquête 23andMe demandait : "Combien de portions de 5 onces (de la taille d'une tasse) de café caféiné consommez-vous chaque jour ?" Comparez cette question à celle de la UK Biobank : "Combien de tasses de café buvez-vous chaque jour (y compris le café décaféiné) ?"

Au-delà de la taille des portions et de la distinction entre caféiné et décaféiné, les enquêtes n'ont pas tenu compte des différentes manières de servir le café. "Nous savons qu'au Royaume-Uni, les gens préfèrent généralement le café instantané, alors qu'aux États-Unis, c'est le café moulu qui est le plus apprécié", a expliqué Mme Thorpe.

"Et puis il y a les frappuccinos", a ajouté Mme Sanchez-Roige, citant la tendance américaine à prendre des cafés chargés d'additifs sucrés. Palmer a mentionné d'autres boissons caféinées et, surtout dans le contexte de la biobanque britannique, le thé, dont aucune n'a été prise en compte dans l'étude d'association pangénomique, qui n'a porté que sur le café. Palmer a ajouté que l'étude d'association pangénomique démontre que la relation entre le génotype et le phénotype est plus différente que la relation entre le café et le thé.

"La génétique influence beaucoup de choses. Par exemple, elle influe sur la taille", a-t-il déclaré. "Et ce genre de choses se produirait probablement de manière très similaire, que vous viviez aux États-Unis ou au Royaume-Uni, alors que le café est une décision que les gens prennent.

M. Sanchez-Roige souligne que le café se présente sous diverses formes, de l'instantané au frappuccino, et qu'il est consommé dans le respect de normes culturelles qui diffèrent d'un endroit à l'autre. Une personne dotée d'un génotype donné peut se retrouver avec un phénotype très différent selon qu'elle vit au Royaume-Uni ou aux États-Unis.

"Et c'est vraiment ce que les données nous disent", a-t-elle déclaré. "En effet, contrairement à la taille, où votre comportement n'a pas grand-chose à voir avec elle, votre comportement et les choix que vous faites dans votre environnement se répercutent de diverses manières. L'interaction entre le génotype et l'environnement complique donc le tableau".

Les collaborateurs ont souligné la nécessité de poursuivre les recherches pour démêler les relations entre la génétique et l'environnement, en se concentrant non seulement sur la consommation de café/caféine, mais aussi sur d'autres questions liées à la consommation de substances psychoactives.

Outre les chercheurs susmentionnés, les coauteurs de l'article de l'UC San Diego sont les suivants : Benjamin K. Pham, John J. Meredith, Mariela V. Jennings, Natasia S. Courchesne-Krak et Sevim B. Bianchi, tous du département de psychiatrie. Les autres coauteurs sont Pierre Fontanillas, de 23andMe, Inc ; Laura Vilar-Ribó, de l'Universitat Autònoma de Barcelona, Espagne ; Julian Mutz, du King's College London, Royaume-Uni ; Sarah L. Elson et Jibran Y. Khokhar, de l'Université de Guelph, Canada ; Abdel Abdellaoui, de l'Université d'Amsterdam, Pays-Bas ; Lea K. Davis, du Vanderbilt University Medical Center ; et l'équipe de recherche de 23andMe.

Mariela V. Jennings, Sevim B. Bianchi et Sandra Sanchez-Roige bénéficient du soutien financier du programme californien de recherche sur les maladies liées au tabac (TRDRP ; numéros de subvention T29KT0526 et T32IR5226). Sevim B. Bianchi et Abraham Palmer ont également été soutenus par P50DA037844. BKP, Julian Mutz et Sandra Sanchez-Roige sont soutenus par NIH/NIDA DP1DA054394. Hayley H. A. Thorpe est financée par une bourse PGS-D du Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie et par une bourse des Instituts de recherche en santé du Canada (IRSC). Jibran Y. Khokhar est soutenu par une chaire de recherche du Canada des IRSC en neuropsychopharmacologie translationnelle. Lea K. Davis est soutenue par le programme R01 MH113362. Natasia S. Courchesne-Krak est financée par une bourse de recherche interdisciplinaire en NeuroAIDs (numéro de subvention R25MH081482). Julian Mutz est financé par le National Institute for Health and Care Research (NIHR) Maudsley Biomedical Research Centre at South London and Maudsley NHS Foundation Trust and King's College London.

Les ensembles de données utilisés pour les analyses PheWAS et LabWAS décrites ont été obtenus auprès du BioVU du Vanderbilt University Medical Center, qui bénéficie de nombreuses sources : financement institutionnel, agences privées et subventions fédérales. Il s'agit notamment du Shared Instrumentation Grant S10RR025141 financé par les NIH et des subventions CTSA UL1TR002243, UL1TR000445 et UL1RR024975. Les données génomiques sont également soutenues par des projets menés par des chercheurs, notamment U01HG004798, R01NS032830, RC2GM092618, P50GM115305, U01HG006378, U19HL065962, R01HD074711, ainsi que par d'autres sources de financement répertoriées à l'adresse https://victr.vumc.org/biovu-funding/. Les analyses PheWAS et LabWAS ont utilisé CTSA (SD, Vanderbilt Resources). Ce projet a été soutenu par le National Center for Research Resources, Grant UL1 RR024975-01, et se trouve maintenant au National Center for Advancing Translational Sciences, Grant 2 UL1 TR000445-06.