Die Etymologie des Wortes ist nicht ganz geklärt. Der Begriff setzt sich zusammen aus den Substantiven Leber und Käse. Im bairischen wird eine essbare Masse als „Kas“ bezeichnet. „Leber“ leitet sich aus „Laib“ ab, was auf die Form des Fleischkäses zurückzuführen ist. In einer anderen Erklärung erinnert die Form des Produktes an einen Laib Käse.
In Österreich sind sowohl die Begriffe Fleischkäse als auch Leberkäse gängig; beide jedoch werden regional bzw. lokal unterschiedlich häufig verwendet. Leberkäse ist in den meisten Teilen des Landes gebräuchlich, Fleischkäse nur in den westlichen Bundesländern.
In der deutschsprachigen Schweiz ist lediglich der Begriff Fleischkäse verbreitet.