Die Bezeichnung Karotte oder Möhre für die Pflanze wie auch die Rübe ist regional unterschiedlich: In Nord- und Ostdeutschland überwiegt Möhre, wobei in Süddeutschland junge Rüben Karotten genannt werden; Sorten mit kleinen, kugelförmigen Wurzeln werden deutschlandweit als Karotten bezeichnet. In Norddeutschland, vorzugsweise in Niedersachsen und Umgebung, findet sich auf den Märkten und in der Umgangssprache auch die Bezeichnung Wurzel (im Niederländischen wortel). Im Saterfriesischen heißt die Karotte auch Wuttel, während die Bezeichnung Räiwe eher für andere Arten gebraucht wird, zum Beispiel für den Hederich (Räiwe/Wüülde Räiwe) oder die Steckrübe. Im Badischen, Schwäbischen, Fränkischen und Bairischen verwendet man oft den Terminus Gelbe Rübe, ebenso im Saarländischen und Pfälzischen, woraus sich dann Gelleriwe bzw. im Badischen Gelleriebe ableitet. In Österreich überwiegt im Hochdeutschen Karotte, während in der Deutschschweiz gebräuchliche Namen Rüebli (halblanger oranger Typ) und Feldrüebli (Gelbe Rübe) sind.
Die sprachliche Entwicklung in Deutschland geht hin zu „Möhre“ und „Karotte“.
Die Bezeichnung „Karotte“ leitet sich (über volkslateinisch carotta) wie auch die englische, französische und italienische Bezeichnung vom lateinischen Wort carota (und dieses von griechisch karōtón, Mehrzahl karōtá „Möhren“) ab.
Das Wort „Möhre“ entwickelte sich über die alt- und mittelhochdeutschen Namen moraha, morha, mokra, morke, morhe und more aus einem gleichbedeutenden germanischen Wort (morhōn), aus welchen mit griechisch tà brákana, „wildwachsendes Gemüse“ und russisch morkov ein unsicheres indogermanisches **mṛk, „essbare Wurzel“ erschlossen werden könnte. Letzteres wird jedoch nicht in neueren Ausgaben des „Kluge“ vertreten.