L'analyse révolutionnaire du pan-génome des bactéries lactiques révèle des opportunités prometteuses pour l'industrie alimentaire et les soins de santé
Une équipe de chercheurs internationaux a publié la première analyse comparative complète du pan-génome des bactéries lactiques (LAB), une famille de micro-organismes essentiels aux écosystèmes naturels et à l'industrie alimentaire. L'étude a été réalisée par des scientifiques du Novo Nordisk Foundation Center for Biosustainability (DTU Biosustain) et de l'Université de Californie à San Diego.
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Cartographie du paysage génétique des bactéries lactiques
La nouvelle étude représente une avancée cruciale dans la compréhension des capacités génétiques de 26 espèces de bactéries lactiques, dans le cadre de la première analyse du pangénome à l'échelle d'une famille. En analysant plus de 2400 génomes de haute qualité accessibles au public, les chercheurs ont réussi à cartographier les capacités génétiques fonctionnelles, les voies métaboliques et les groupes de gènes biosynthétiques des souches individuelles de 26 espèces de la famille des Lactobacillaceae. Les chercheurs ont mis au point un nouveau flux de travail intégré pour l'analyse du pangénome à grande échelle, qui comprend des étapes importantes de curation des données, de définitions taxonomiques, d'identification des phylogroupes, de reconstruction du pangénome, d'annotations fonctionnelles et d'exploration du génome. Cette analyse computationnelle avancée a permis de mieux comprendre les différences fonctionnelles entre les différentes espèces de LAB par rapport aux efforts antérieurs axés sur des espèces individuelles ou des études de métagénome.
"En cartographiant le paysage génétique des LAB, nous avons ouvert la porte à un trésor de nouvelles possibilités représentées par des groupes phylogénétiques et des souches individuelles pour de futures applications biotechnologiques", déclare le postdoc Omkar Satyavan Mohite de DTU Biosustain, l'un des principaux auteurs de l'étude.
Des progrès possibles dans l'industrie alimentaire et les soins de santé
Les résultats de cette recherche novatrice ne se limitent pas à l'étude des microbes dans le cadre de la science des données ; ils ont des applications dans le monde réel. "Nous avons jeté les bases de tout, de l'identification des espèces et des études fonctionnelles à la recherche phylogénétique et aux innovations biotechnologiques. Ces travaux peuvent faire progresser divers secteurs, notamment l'industrie alimentaire, les soins de santé et les sciences de l'environnement", explique Akanksha Rajput, chercheur postdoctoral à l'UCSD et l'un des principaux auteurs de l'étude.
Cette recherche est particulièrement pertinente pour les experts et les enquêteurs des domaines universitaire, industriel, médical et environnemental, qui peuvent tous utiliser ces données pour donner la priorité aux souches ayant le bagage génétique requis.
Selon les chercheurs, les travaux futurs utiliseront les caractéristiques pan-génomiques comme outil clé pour approfondir l'évolution bactérienne, les voies métaboliques ou les variations au niveau des séquences. Le processus intégré d'analyse du pangénome mis au point ici pourrait constituer une plateforme cruciale pour approfondir l'étude d'autres groupes microbiens d'intérêt industriel.
L'auteur correspondant de l'étude est le professeur Bernhard O. Palsson. L'étude a été dirigée par Akanksha Rajput (chercheur postdoctoral à l'UCSD), Siddarth Chauhan (étudiant en doctorat à l'UCSD) et Omkar S. Mohite (chercheur postdoctoral à DTU Biosustain). Des équipes de DTU Biosustain (Microbial Foods, Reconstruction Team et Genome Analytics) ont également collaboré à ce projet.
Note: Cet article a été traduit à l'aide d'un système informatique sans intervention humaine. LUMITOS propose ces traductions automatiques pour présenter un plus large éventail d'actualités. Comme cet article a été traduit avec traduction automatique, il est possible qu'il contienne des erreurs de vocabulaire, de syntaxe ou de grammaire. L'article original dans Anglais peut être trouvé ici.
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