Milchkefir entsteht, indem man über ein bis zwei Tage Kuh-, Ziegen- oder Schafsmilch mit Kefirknollen versetzt. Für die Herstellung des verwandten Produkts Kumys wird Stutenmilch verwendet. Falls zur Herstellung keine H-Milch oder pasteurisierte Milch verwendet wird, empfehlen verschiedene Quellen, die Roh- oder Vorzugsmilch zuvor abzukochen, um die Vermehrung unerwünschter Mikroorganismen zu unterdrücken, notwendig ist dies jedoch nicht. Auch können Kokosmilch und andere Pflanzendrinks zu Kefir fermentiert werden.
Der Ansatz wird daraufhin stehengelassen. Viele Anleitungen sehen das einmalige Umrühren nach einigen Stunden vor. Optimale Temperaturen liegen zwischen 10 und 25 °C. Dabei wird die Milch fermentiert. Der Alkoholgehalt des fertigen Produkts kann je nach Gärdauer 0,2 bis etwa 2 % betragen.
Bei niedrigeren Temperaturen zwischen 8 und 18 °C überwiegt die Hefegärung und das Produkt ist milder, da es weniger Milchsäure enthält. Der Gehalt an Kohlendioxid und Ethanol ist hingegen höher. Wenn das Gefäß luftdicht verschlossen ist und der Kohlendioxidgehalt sich demzufolge erhöht, so beeinträchtigt dies das Wachstum der Hefen.
Bei höheren Temperaturen zwischen 20 und 28 °C findet überwiegend durch Bakterien Milchsäuregärung statt. Der Ethanol-Gehalt ist geringer, der Milchsäure-Gehalt höher. Die Molke trennt sich eher vom Bruch bzw. Sauermilchquark, der oben aufschwimmt.
Der Kefir sollte wenigstens 16 Stunden fermentieren, besser jedoch 24 bis 36 Stunden.
Der Fettgehalt entspricht etwa dem der verwendeten Milch. Die Milcheiweiße werden teilweise hydrolysiert, d. h. in Peptide umgewandelt. Das cremige Getränk hat einen leicht säuerlichen Geschmack.
Der Kefir wird mit einem Sieb unter leichtem Schütteln von den blumenkohlartigen Kefirknollen getrennt. Es ist nicht unbedingt notwendig, die Knollen mit Wasser zu spülen. Dies wird jedoch gelegentlich empfohlen und führt zu einer etwas verzögerten Entwicklung des Kefirs.
Sollen die Knollen nicht sogleich wieder verwendet werden, können sie mit einer Wasser-Milch-Mischung bedeckt an einem kühlen und dunklen Ort bis zur nächsten Zubereitung aufbewahrt werden. Andere Quellen sprechen von einer Aufbewahrung in einprozentigem, abgekochten Salzwasser. Zur längeren Aufbewahrung ist es unter günstigen Umständen möglich, die Knollen zu trocknen, während das Einfrieren unproblematisch ist und nur eine gewisse Regenerationszeit erfordert.
Der säurehaltige Kefir kann Metallionen aus den Oberflächen von Metallgefäßen lösen. Dies kann zur Hemmung der Mikroorganismen in den Kefirknollen führen, Geschmacksbeeinträchtigungen erzeugen oder auch gesundheitsschädlich sein. Daher sollten ausschließlich Gefäße und Geräte aus Kunststoff, rostfreiem Stahl, Keramik oder Glas zur Herstellung und vor allem Lagerung benutzt werden.
Kefirknollen
Die Kefirknollen (Kefirkörner, Kefirpilz, tibetanischer Pilz) werden zwischen 0,3 cm und 3,5 cm groß. Größere Knollen sind häufig aneinander „verklebte“ Kefirknollen. Kefirknollen haben eine gummiartige Konsistenz und bestehen aus Bakterien, Hefen, Eiweißen, Lipiden und aus Polysacchariden, die durch verschiedene der in den Knollen enthaltenen Bakterien produziert werden. Diese Knollen vergrößern sich im Laufe der Zeit und zerfallen teilweise in kleinere Knollen. Sie verdoppeln ihre Masse bei Raumtemperatur in etwa 14 Tagen. Kefirknollen können zur Aufbewahrung getrocknet oder eingefroren werden.
Kefirferment
In Reformhäusern und Apotheken ist Kefirferment in Form von fast wasserfreiem, körnigem Pulver erhältlich, das in ungeöffneter Packung über Monate haltbar ist. Die Anwendung ist unkompliziert. Der Ansatz kann nach Packungsangabe meist 40–50 mal verlängert werden, bevor erneut ein Ansatz mit Kefirferment hergestellt werden sollte. Bei der Verwendung von Kefirferment bilden sich keine Kefirknollen.
„Kefir, mild“
Industriell hergestellter und im Handel angebotener Kefir entspricht üblicherweise nicht dem traditionell mit Kefirknollen hergestellten Getränk und trägt die Bezeichnung „Kefir, mild“. Damit das entstehende Getränk immer gleich schmeckt, wird industriell mit einer definierten Mischung verschiedener Bakterien und Hefen gearbeitet, die die komplexe Zusammensetzung des Mikroorganismen-Konsortiums von Kefirkörnern nicht vollständig nachahmen kann. Traditioneller Kefir ist regional und jahreszeitlich verschieden zusammengesetzt. „Kefir, mild“ enthält in der Regel kaum Alkohol, dafür aber pro 100 g noch ca. 2,7–3,9 g Laktose und ist somit bei Laktoseunverträglichkeit nicht geeignet. Der echte Kefir enthält im Vergleich mehr Alkohol, ist aber weitgehend laktosefrei.
Sahnekefir wird aus diesem Kefir meist mit einer Fruchtzubereitung ohne laktosevergärende Hefen hergestellt. Er ist von etwas dünnflüssigerer Konsistenz als Sahnejoghurt und enthält rund 10 % Fett im Milchanteil.